สัญลักษณ์ของโรงเรียนแสงธรรมวิทยาเป็นรูปวงกลมล้อมรอบชื่อโรงเรียนเป็นภาษาไทยและภาษาอาหรับ หมายถึงโรงเรียนเปิดสอนหลักสูตรภาควิชาสามัญควบคู่กับหลักสูตรศาสนาอิสลาม ภายในรูปวงกลมมีหนังสือวางอยู่บนพาน และมีเทียนไขที่ส่องสว่าง หมายถึงความรู้ที่ได้เรียนรู้และสามารถนำไปใช้ได้จริงในชีวิตประจำวัน และที่ฐานพานมีตัวเลขกำกับ หมายถึงปีพุทธศักราชที่โรงเรียนก่อตั้ง

 หมายถึง ความสงบสุข ความสะดวกสบาย สดชื่น สดใส ไม่มีความแตกแยกและไม่แบ่งชนชั้นวรรณะ อยู่อย่างฉันพี่ฉันน้อง มีความเกื้อกูลช่วยเหลือซึ่งกันและกัน

    โรงเรียนมุ่งส่งเสริมให้นักเรียนทุกคน มีความรู้ ความสามารถ ทักษะ ทั้งภาควิชาศาสนาอิสลามและวิชาสามัญ เป็นคนเก่ง คนดี มีความคิดริเริ่มสร้างสรรค์ คิดเป็น ทำเป็นและแก้ปัญหาเป็น ดังคำขวัญของปรัชญาที่ว่า       “มีความรู้ มีวินัย ถือคุณธรรม”

มีความรู้ หมายถึง การมุ่งให้นักเรียนมีความรู้ความสามารถ โดยเน้นมีความเป็นเลิศ ทางวิชาการเป็นคนเก่ง คนดี มีสุข มีความคิดริเริ่มสร้างสรรค์ รู้จักคิดเป็น ทำเป็น แก้ปัญหาเป็น สามารถนำความรู้ไปใช้ในการศึกษาต่อในระดับสูง หรือประยุกต์ใช้ในชีวิตประจำวันรวมถึงการประกอบอาชีพในอนาคต

มีวินัย หมายถึง การส่งเสริมให้นักเรียนรู้จักประพฤติปฏบัติตามหลักศาสนา กฎระเบียบของโรงเรียน มีระเบียบวินัย มีเหตุผล มีความเคารพในสิทธิและหน้าที่ทั้งส่วนบุคคลและส่วนรวมสามารถควบคุมตนเองและปฏบัติตามกฏกติกาทางสังคมเพื่อประโยชน์ส่วนรวมได้อย่างถูกต้อง

ถือคุณธรรม หมายถึง การมุ่งพัฒนาและปลูกฝังจิตสำนึกให้นักเรีนยมีคุณธรรมที่ดีงาม ประพฤติดีกตัญญูกตเวที รู้จักให้อภัย รู้จักสามัคคี ช่วยเหลือซึ่งกันและกัน เสียสละเพี่อประโยชน์ส่วนรวม และสามารถอยู่ร่วมกันในสังคมอย่างมีความสุข